En plus des spécialisations, le Kekkai Genkai a pour but de rendre votre personnage unique (qu'on n'ait pas de pâles copies un peu partout). Ainsi, à partir du rang Juunin, il est possible de vous attribuer une capacité spéciale, que l'on appelle aussi Kekkai Genkai. En voici une définition : le Kekkai Genkai est une capacité transmise génétiquement au sein d'un clan ne pouvant être en principe imitée ou dupliquée en dehors des lignées du clan.

Sur Ninjas-of-Konoha, on se libérera des limites héréditaires posées par cette définition. Ainsi nous décomposons le Kekkai Genkai en trois possibilités distinctes :

• Fusion de deux affinités
  A partir du moment où vous avez deux affinités compatibles (voir le tableau de compatibilités suivant), c'est-à-dire au niveau Juunin minimum, il vous sera possible de les combiner afin d'en former une troisième qui vous donnera ainsi accès à de nouvelles techniques. Sachez qu'il y a un très grand nombre de possibilités, d'autant que de nouvelles sont toujours révélées par le manga. Si vous choisissez cette possibilité, vous devrez énoncer vos deux affinités dès votre présentation. De plus, une fusion suppose une maîtrise des deux affinités avant tout.


• Pouvoir spécial
  Celui-ci provient purement et simplement de votre imagination, et vous permet de faire sortir votre ninja du lot. Bien sûr, cette "capacité" ne peut être utilisée qu'avec du chakra (à même titre que les jutsus), et devra être validée au cours de votre présentation. Aussi, vous ne pourrez l'utiliser pleinement qu'à partir du niveau Juunin.


• Clan déjà existant dans le manga
  Vous pouvez aussi faire appartenir votre personnage à un clan déjà existant du manga. Cependant, pour cela, votre niveau RP devra être de bonne qualité et vous devrez inventer une histoire plausible qui ne va pas à l'encontre des évènements du manga. De plus, les places sont très limitées, et les Uchiha ne peuvent être inventés.
  

Quelques notes importantes sont à garder en mémoire :
     - un Kekkai Genkai demande une certaine maîtrise, donc de l'entraînement.
     - Les Dojutsu inventés sont interdits.
     -Si vous souhaitez créer un lien de parenté très proche (frère/soeur, père ou mère) entre vous et un autre membre, il devra avoir le même Kekkai Genkai que vous. Vous serez considéré comme un petit clan.
     - Il n'est pas possible de changer de Kekkai Genkai en cours de route, donc choisissez le bien.